Les premières préoccupations affirmées en 2008 portaient sur la santé personnelle des agriculteurs, celle de leur famille, de leurs salariés, de leurs voisins, des consommateurs et sur la protection de l'environnement naturel. Cette étude a donné du sens au Certiphyto et permis d'alimenter la réflexion des organisations professionnelles. Le dispositif Certiphyto s'est construit en déclinaison de la directive européenne qui oblige la France à mettre en place un système de formation spécifique pour un emploi durable des produits phytosanitaires.