S'agissant du lien qui peut être établi entre certaines classes de pesticides et des pathologies, il existe un niveau de preuve qu'il est important de prendre en compte. Celui-ci peut être très différent selon les pathologies et les expositions.
Concernant la thématique santé et travail, l'ANSES a réalisé un travail de recherche dans les laboratoires de l'agence ainsi qu'un travail de soutien à la recherche grâce au programme national de recherche environnement, santé au travail financé par les ministères du travail et de l'environnement, le plan Ecophyto et l'INSERM. L'ANSES peut donc financer un certain nombre de travaux notamment sur les pesticides et les cancers, les multi-expositions ou les effets perturbateurs endocriniens.
Le travail d'expertise de l'Agence est divisé en deux. Il regroupe l'évaluation réglementaire des dangers des substances avant l'octroi de leur AMM par le ministère de l'agriculture en France. Cette évaluation est encadrée au niveau européen par un règlement qui a évolué. Lancé lors de la présidence française de l'Union européenne en 2008, un nouveau règlement a été adopté en 2009 et est entré en vigueur en juin 2011. Ce dernier renforce l'évaluation des pesticides au niveau européen. Aujourd'hui, 75 % des pesticides utilisés il y a vingt ans sont interdits. Les études du CIRC sur la monographie de 1991 s'intéressaient à des expositions à un certain nombre de produits qui n'existent plus aujourd'hui mais dont certains peuvent être rémanents dans l'environnement.
Avec l'épidémiologie actuelle, les critères d'exposition et les évaluations d'expositions doivent être renforcées par des méthodes modernes, notamment l'utilisation de bio-marqueurs (biologiques, sanguins, urinaires), de systèmes d'information géographique pour établir des cartographies d'exposition aux produits phytosanitaires et mis en relation avec des pathologies au niveau régional. La mise en oeuvre de ces nouvelles méthodes dans les études épidémiologiques constitue un véritable enjeu pour disposer de connaissances plus solides et de niveaux de preuve plus précis sur le lien entre des pathologies et des expositions aux produits phytosanitaires.