La dénomination des deux premières séries de contrats, les contrats de plan 2000-2006 et les contrats Etat-Région 2007-2013, indiquait que ceux-ci concernaient prioritairement l'Etat et la région. Ensuite, selon les territoires, les départements étaient associés en amont ; ou au contraire, le partenariat se formait contre ces derniers. La forme la plus aboutie d'association est le contrat de partenariat en Alsace. Tout a été structuré dès le départ. Les trois plus grandes villes ainsi que leurs EPCI, les deux départements et la région ont tous été signataires. Dans quelques régions, les partenariats ont été signés par les départements. La contractualisation a pris la forme d'une poupée-gigogne. La région a contractualisé avec l'Etat. Puis les régions ont contractualisé avec les départements, les agglomérations, les pays, avec à chaque fois des modalités différentes de financement. Chaque partenariat est unique.