La critique a essentiellement porté sur l'interprétation que fait le professeur Séralini des données de son étude. Lors de son audition, il a motivé le choix de rats Sprague-Dawley par la nécessité d'utiliser un protocole comparable à celui retenu dans les études réglementaires. Or, cette souche de rat est surtout utile pour les études de toxicité à 90 jours, ou les tests de toxicité aigüe. Cette souche est naturellement plus sujette aux tumeurs, donc plus difficile à utiliser dans des études de cancérogenèse à plus long terme : au bout de deux ans, on observe une prévalence de 60 % de tumeurs mammaires spontanées. Dès lors cette étude n'aurait de puissance statistique acceptable qu'à partir de 80 à 100 rats par groupe... ce qui aurait fait passer son coût à 5 voire 10 millions d'euros.
Le professeur Séralini souhaitait surtout vérifier si les tests à 90 jours sont prédictifs d'effets sur la cancérogenèse à plus long terme ; et si l'on doit s'attendre à la survenance de cancers. Je rappelle que les méthodes alternatives posent un délicat problème financier.
La nouvelle réglementation européenne, sur les phytosanitaires notamment, rend possible la réalisation selon des méthodes alternatives de tests in vitro permettant d'identifier les dangers de certaines substances actives et coformulants. Il s'agit par exemple d'études portant sur la génotoxicité de certains produits - qui modifient un gène ou un chromosome - ou sur les effets perturbateurs endocriniens. Dans le cas des désherbants comme le Roundup, ces tests ont permis d'identifier l'action de coformulants dérivés du nonylphénol.