La finalité de l'AERES est triple. Avoir un effet de levier sur les entités, pour les faire progresser, tout d'abord, grâce à un travail d'autoévaluation qu'elle fait suivre d'un regard extérieur par des personnalités à la fois compétentes et indépendantes, à la suite de quoi elle formule des recommandations qui figurent dans tous ses rapports d'évaluation. L'AERES est, ensuite, un outil dont s'est doté l'État stratège pour éclairer ses décisions, et qui peut aussi jouer le même office pour d'autres financeurs. Ses évaluations exposent clairement quelle est la stratégie de recherche de l'université, ses points forts et ses points faibles. L'Agence est, enfin, un instrument d'information du public. N'oublions pas l'importance du financement sur fond public de la recherche. Qui veut savoir, par exemple, ce qu'il en est de la recherche en chimie en Rhône-Alpes le peut, grâce à l'AERES.
Comment se déroulent les évaluations ? Chaque année, notre action est liée par les contrats État-universités. L'une des cinq grandes zones qui divisent le territoire de la recherche étant retenue, nous identifions l'ensemble des unités de recherche, formations et organismes à évaluer. Nous privilégions une approche collégiale, qualitative, par les pairs. Il ne s'agit pas pour nous, bien évidemment, de se contenter d'aller rechercher des occurrences dans une base de données type Scopus ou Isi. Nous passons, de là, à l'évaluation externe de la stratégie de recherche de l'université, en nous appuyant sur les informations recueillies. Cette approche évaluative intégrée est appréciée sur la scène européenne et internationale ; elle est, pour notre pays, un atout.
Qu'en est-il du dialogue au sein de l'institution ? Le conseil d'administration est constitué de personnes proposées par les organismes de recherche, les établissements, et les instances nationales - CNRS, CNU. Il comprend également un député et un sénateur, M. Michel Berson.