L'abattage rituel est doublement dérogatoire au droit commun.
D'abord parce qu'il déroge à la règle selon laquelle les animaux doivent être étourdis avant leur abattage dans un souci de protection animale. Un avis de décembre 2012 de l'agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail (ANSES) préconise l'étourdissement avant l'incision des jugulaires comme le standard pour limiter la douleur au moment de l'abattage. Des études scientifiques démontrent que de l'abattage rituel pratiqué sans étourdissement résulte pour l'animal non seulement une douleur au moment où on lui tranche la gorge, mais également une agonie post-égorgement qui peut durer plusieurs minutes. Le rapport d'expertise sur les douleurs animales publié par l'institut national de la recherche agronomique (INRA) en décembre 2009 précise que l'agonie peut durer jusqu'à 14 minutes chez les bovins. Selon l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA), l'agonie des gros bovins abattus dure en moyenne 126 secondes.
La deuxième dérogation est la suivante : l'abattage rituel consiste à trancher la gorge, la peau, les artères et surtout la trachée et l'oesophage des animaux. Il s'agit d'une exception aux principes généraux de l'hygiène alimentaire fixés par le règlement européen n° 853/2004 et applicables au sein des abattoirs européens. Ce règlement précise en effet que la trachée et l'oesophage doivent rester intacts lors de la saignée afin d'éviter la contamination des viandes, sauf dans le cas d'un abattage religieux. Des problèmes d'hygiène peuvent effectivement survenir dans la mesure où il est difficile de ligaturer l'oesophage lors de la saignée, ce qui peut en outre être fait avec retard ; il peut alors en résulter une souillure des viandes de tête et des viandes de gorge, qui sont utilisées dans les pot-au-feu ou pour fabriquer des steaks hachés. En 2008, le docteur Gilli-Dunoyer, chef du bureau des établissements d'abattage à la direction générale de l'alimentation (DGAL), mettait ainsi en exergue dans une communication publiée dans le bulletin de l'Académie vétérinaire française le risque de contamination de la viande par cette technique d'abattage.
En Australie et en Nouvelle-Zélande, pays fortement exportateurs de viande halal vers le Moyen-Orient, les viandes produites proviennent d'animaux insensibilisés lors de la saignée. En France, seule une minorité de sacrificateurs accepte l'étourdissement avant abattage. On perçoit chez les sacrificateurs les plus modernes une conscience de la douleur occasionnée par cette technique d'abattage et une volonté d'amélioration du rite. Cette minorité concerne presque uniquement la filière halal, les sacrificateurs musulmans étant beaucoup plus ouverts que les rabbins sur cette question - bien que lors de la dernière convention du Conseil représentatif des institutions juives de France (CRIF) de janvier 2013, le rabbin Krygier ait déclaré qu'une réflexion sur l'évolution du rite d'abattage n'était pas exclue dans un souci de protection animale.