Tout comme pour les humains, les antibiotiques pour animaux font l'objet d'une autorisation de mise sur le marché après notamment une étude d'écotoxicité. Cet impact doit être évalué et il est jugé acceptable ou non en fonction du devenir technique de la molécule dans son cycle de vie. Certains posent les mêmes problèmes que les médicaments consommés par les humains et que l'on peut retrouver dans les eaux. Les antibiotiques sont relativement sensibles à la lumière et se dégradent rapidement. Ils n'ont pas d'effet à des doses infinitésimales contrairement à des pesticides.