Ce texte a un défaut majeur, souligné par les universités de droite et de gauche : c'est la gouvernance. La force des grandes universités étrangères ne tient pas seulement à un effet de taille mais avant tout à leur mode de gouvernance : elles ont de grands managers, des présidents forts avec une autonomie. Or, ce texte va désarticuler la gouvernance de nos universités de deux manières. L'élargissement du conseil d'administration (CA) va compliquer sa conduite alors qu'elle est déjà très complexe et délicate. Il y aura plus de représentants nommés et, plus particulièrement, plus de représentants désignés par des personnes ayant une coloration politique forte comme les présidents de régions,... Par ailleurs, on va instaurer une dualité en établissant un conseil académique aux pouvoirs élargis aux côtés du conseil d'administration.