L'AIRD n'a pas pu se positionner comme coordonateur stratégique de la recherche avec les pays du Sud. Ses cinq membres - l'IRD, le Cirad, l'Institut Pasteur, le CNRS et la CPU - n'ont pas la même vision de la politique à mener. Ainsi, le CNRS ne semble pas convaincu que la stratégie internationale doive être coordonnée par l'AIRD. La logique d'Alain Fuchs, son président, c'est l'excellence ; le CNRS ne cherche guère à faire évoluer ses programmes ou ses laboratoires sur un mode pluridisciplinaire et partenarial, même si les choses ont évolué depuis quatre ans.
Les autres partenaires sont plutôt en concurrence les uns avec les autres, à commencer par l'IRD et le Cirad. La création d'Agreenium, consortium composé notamment de l'Institut national de la recherche agronomique (INRA) et du Cirad et qui promeut la recherche agronomique française dans différents pays, ne rend pas le système plus lisible. Quant à l'Institut Pasteur, il se situe sur un segment assez spécifique.