Parmi les lignes budgétaires allouées aux programmes de développement, l'une concerne généralement la recherche opérationnelle. Si elle n'est pas consommée lors de la première phase de mise en oeuvre d'un projet, elle peut être renégociée par le Fonds mondial dans la perspective d'une deuxième phase. Si le programme n'est plus éligible, les crédits correspondants sont remis dans le pot commun.