Les DREAL elles-mêmes estiment que la liste des espèces protégées mêle, sans distinction, celles qui sont en déclin ou en voie de disparition, et celles qui prolifèrent à cause d'une protection trop stricte. Ce statut unique, appliqué à des espèces diverses, engendre des coûts disproportionnés et des délais de réalisation de certaines infrastructures parfois insupportables, car pouvant atteindre six ans.