La Cour des comptes n'a fait que suggérer d'utiliser les reliquats d'un PNRU à l'autre et elle s'est fondée sur la réponse que lui a faite l'ANRU ainsi que sur la position favorable du ministère du logement, le but étant de mobiliser toutes les marges de manoeuvre disponibles, compte tenu de la contrainte financière globale.
La Cour des comptes, ensuite, a bien conscience des avantages du système d'avances pour les collectivités locales, mais elle n'a pu qu'être frappée par la concomitance des 500 millions d'euros d'avances non récupérées et des 600 millions d'euros des opérations non soldées. La Cour des comptes est dans son rôle en suggérant d'engager une réflexion sur ce système pour l'avenir, afin de faire la balance entre les avantages et les inconvénients. Le ministère du budget et celui du logement se sont prononcés favorablement à la suppression des avances.