Le logiciel Louvois a d'abord été testé de manière satisfaisante dans le service de santé des armées, qui compte 10 000 fonctionnaires. Puis il a été utilisé dans l'armée de terre. Il est très vite apparu qu'il n'était pas adapté à la complexité du paiement des soldats en campagne. Cela ne concernait théoriquement que 1,5 à 2 % des effectifs... mais jamais les mêmes ! En réalité, tous les soldats étaient susceptibles d'être affectés. Les épouses des militaires lésés se sont mobilisées pour réclamer à l'Etat les sommes non versées. A l'inverse, les engagés volontaires qui ont bénéficié de trop-versé ont quitté l'armée au terme de leur contrat sans rien signaler et le recouvrement des sommes payées à tort supposait des procédures complexes. Dans la marine, la mise en place de Louvois, demandée par l'État-major, s'est bien déroulée.
Grâce à Louvois, l'on aurait pu supprimer 800 emplois administratifs, soit l'équivalent d'un régiment qui aurait ainsi été sauvé. Le système n'a pas fonctionné car la paie du soldat est diabolique : chaque mouvement, chaque sortie du quartier ou de la caserne, chaque entrainement engendre des indemnisations dont le montant est variable et imprévisible. Le logiciel était adapté pour des petits effectifs mais non pour de grands effectifs centralisés.