Dans sa note d'analyse, la Cour des comptes constate que les outils d'évaluation et de contrôle dont le ministère s'est doté depuis deux ans améliorent le suivi du fonctionnement comptable et financier des universités et, finalement, celui de la consommation des crédits budgétaires ; c'est un progrès important par rapport à la situation que nous avions constatée avec Philippe Adnot, lors de notre mission commune d'information, où c'était une gageure d'obtenir de simples informations comptables sur les finances des universités. Reste, cependant, que le ministère recourt à des redéploiements et à la fongibilité pour répondre aux besoins constatés en cours d'année et qui n'ont pas été anticipés.
Le système de répartition des moyens à la performance et à l'activité (SYMPA), ensuite, devait faire converger les niveaux de dotations entre établissements sur-dotés et sous-dotés : s'il a fonctionné pendant deux ans, cela n'a plus été le cas ensuite, faute d'abondement de l'enveloppe, et les écarts se sont même peut-être plutôt creusés ; les crédits de fonctionnement répartis par SYMPA auraient ainsi diminué de 65 millions d'euros entre 2012 et 2013, alors que le ministère avait annoncé un recul de 32 millions d'euros : que s'est-il donc passé ? Nous avons noté, également, que les établissements pouvaient recourir à la « fongibilité asymétrique », ce qui n'était pas prévu initialement.
Enfin, si les redéploiements ont été effectués pour couvrir les dépenses liées aux bourses accordées sur critères sociaux, nous manquons d'indicateurs pour suivre l'évolution de cette enveloppe avec précision, en particulier pour ce qui concerne la réforme intervenue à la rentrée universitaire de 2013 et qui pourrait avoir des conséquences en 2014.