En premier lieu, l'accord d'association est signé avec la Moldavie dans son ensemble. La Transnistrie en fait partie, puisque sa sécession n'est reconnue par aucun État de la communauté internationale.
Mais, en second lieu, l'accord d'association ne prévoit son application à la Transnistrie qu'à partir du moment où la situation politique sera légitime. L'article 462 de l'accord stipule : « En ce qui concerne les régions de la République de Moldavie sur lesquelles son gouvernement n'exerce aucun contrôle effective, le présent accord ou son titre V (Commerce et questions liées au commerce) ne commenceront à s'appliquer que lorsque la République de Moldavie garantira la mise en oeuvre et le respect intégraux, respectivement, du présent accord ou de son titre V (Commerce et questions liées au commerce) sur l'ensemble de son territoire ». Cela signifie que lorsque la situation sera régularisée en Transnistrie, l'accord s'appliquera sur l'ensemble du territoire de la Moldavie.
D'ici là, l'accord ne s'applique pas en Transnistrie.