Il est difficile de retrouver les mêmes valeurs, les mêmes définitions, les mêmes entreprises. Parfois, c'est le groupe qui déclare ; parfois, ce sont des filiales. Ce n'est pas l'entreprise qui répond à l'enquête sur la recherche et développement. L'enquête a été réalisée au niveau de la tête de groupe, parfois au niveau des filiales. C'est extrêmement complexe, d'autant que les entreprises changent de numéro d'identifiant. Sur 9 000 entreprises, environ 10 % changent d'identifiant sur vingt ans, la recherche continuant cependant à être menée par la même entité.
On ne peut résoudre pour l'instant certaines difficultés statistiques.