Le fait que beaucoup de pays aient adopté le CIR tient à ce qu'il s'agit d'un instrument transversal qui s'adresse à toutes les entreprises qui font de la recherche et développement, ce qui n'oblige pas les gouvernements à choisir les leaders technologiques qui doivent bénéficier de l'aide. C'est une des raisons pour lesquelles le crédit d'impôt a été adopté, étant totalement en conformité avec la pensée dominante du moment en politique industrielle : disposer d'une politique horizontal qui ne s'adresse à aucun secteur en particulier.
Il faut toutefois s'interroger sur le fait que cette transversalité n'est que théorique, les intensités technologies étant très différentes selon les secteurs. Certains investissent en effet beaucoup en recherche et développement, alors que ce n'est pas le cas des autres. C'est d'ailleurs ce qui va conduire le Gouvernement à considérer les nouvelles collections comme dépenses éligibles à la recherche et développement.
Quelques secteurs font plus de recherche et développement que d'autres et, à ce titre, sont donc bien plus sensibles au CIR. La transversalité est donc théorique, mais non réelle.
On pourrait se demander si on n'a pas intérêt à modifier le crédit d'impôt en fonction du secteur, certains étant naturellement plus enclins à faire un effort de recherche et développement. Cela fait partie de leur spécificité et de leurs caractéristiques technologiques, alors qu'ils ne font pas plus d'efforts que d'autres qui ne sont pas dans un secteur où l'on fait de la recherche et développement. Une considération sectorielle pourrait donc être la bienvenue pour moduler le CIR.
Le second élément est celui de l'optimisation fiscale et le fait que ces dispositifs CIR répondent à un autre objectif, qui est d'attirer les activités de recherche et développement sur un territoire. La générosité du dispositif français a aussi cet objectif.