Nous sommes fréquemment confrontés, avec les prix de transfert, à des phénomènes de double non-imposition : une entreprise qui bénéficierait du CIR et logerait son brevet dans une filiale pourrait ne pas payer d'impôt sur les sociétés au titre de sa filiale si celle-ci est situé dans un pays à fiscalité privilégiée.
Existent des « coquilles » montées spécifiquement pour bénéficier du CIR et de vraies entreprises qui optimisent le dispositif, en jouant de ses mécanismes et en mettant en place des prix de transfert efficaces.