Nous savons que les contrôles sont nécessaires et légitimes, car nous sommes très soucieux de la bonne utilisation des deniers publics. La maîtrise des dépenses publiques constitue un axe fort de la position du MEDEF. Nous voyons se faire jour une différence entre les grands groupes et les entreprises plus petites. Dans ces derniers, les comptables sont formés, de même que les fiscalistes. En outre, ces entreprises se font aider par des cabinets spécialisés sur des points de détail. En gros, le dispositif fonctionne. La notion de recherche, telle qu'elle doit être comprise pour apprécier l'éligibilité au crédit d'impôt recherche, n'est pas toujours facile à identifier car elle est définie de façon très générale. Un effort de traduction est parfois nécessaire. Dans les PME, en particulier, l'interprétation qui est faite des règles du dispositif est parfois contestée par les experts du ministère de la recherche, ce qui donne lieu à de nombreux redressements.
En matière de charges sociales, certains secteurs ont des mutuelles obligatoires, d'autres non, ce qui peut conduire à des objections des services fiscaux. La mutuelle sera bientôt obligatoire pour tous, ce qui mettra fin à ces débats mineurs liés à la comptabilité. Les principaux points de discussion portent cependant sur l'éligibilité des projets. De ce point de vue, les entreprises sont parfois mal à l'aise face à un expert du ministère de la recherche qui considère qu'à partir du moment où le rapport de l'entreprise ne mérite pas le Prix Nobel, il n'est pas éligible au crédit d'impôt recherche. L'absence de dispositif contradictoire permettant à l'entreprise de faire valoir ses droits de façon simple et de façon reconnue dans la loi constitue une vraie source d'inquiétude pour les dirigeants de PME. En matière d'intelligence artificielle, dès 1965, les Américains avaient considéré qu'ils avaient écrit le « General Problem Solver », qui devait être un logiciel répondant à toutes les questions pour l'avenir de l'humanité. Ce n'était pas le cas mais, en théorie, cela fonctionne. Depuis, rien n'a été fait. Des erreurs majeures sont donc commises par manque d'appréhension des réalités technologiques et de ce qui est faisable à un instant donné, car les experts ont parfois des connaissances théoriques qui sont trop éloignées des réalités du marché.