Le poids relatif des primes dans l'ensemble des rémunérations a augmenté de manière significative depuis que le point d'indice a été gelé. Nous n'avons constaté aucune amélioration notable quant aux écarts et aux disparités indemnitaires, et les critères de performance n'ont pas non plus été pris en compte. L'éparpillement pose des problèmes de gestion comme on a pu le constater lors de la mise en place de l'Opérateur national de paye (ONP), confronté au maquis foisonnant des primes de très petits montants. Les difficultés de Louvois ont montré qu'une simplification du dispositif s'imposait. Une régularisation avait déjà été opérée, au début des années 2000, qui s'est appliquée plus particulièrement au ministère des finances ; la mauvaise herbe repousse, ce qui implique que nous soyons vigilants.
Les emplois non affectés recouvrent des situations très différentes : agents en instance d'affectation, notamment dans l'éducation nationale, mobilité en cours, non-affectation due à une décision à venir de congé maladie de longue durée... La gestion diffère selon chaque ministère, et nous ne disposons pas d'analyse transversale. Quant à la fusion des corps, qui donne souvent lieu à un alignement sur le régime le plus favorable, elle nécessite que l'on trouve un équilibre pour éviter les surcoûts. Enfin, nous avons délibérément choisi de ne pas traiter des questions liées au statut des fonctionnaires.