Les effets non sanitaires de la pollution atmosphérique sont souvent négligés. L'Ineris s'est intéressé aux excès de dépôt d'azote et à leurs effets sur les écosystèmes. À l'horizon 2020, un effet d'eutrophisation incontestable a été mis en évidence mais cette perte de biodiversité n'a pas encore pu être valorisée en termes monétaires.
L'ozone troposphérique affecte les rendements agricoles et la capacité des végétaux à stocker du CO2. En 2000, les pertes provoquées par la chute des rendements du blé -soit 14%- ont atteint 3,2 milliards d'euros pour l'Union européenne.