La canne à sucre reste une culture importante pour les Antilles. Elle est plantée avec des boutures de canne pendant les douze années de sélection et se multiplie au cours de ses cinquante ans de vie, en engrangeant des bactéries.
Le processus de sélection vise à produire des variétés qui sont censées résister aux maladies et aux ravageurs locaux. La canne à sucre reste toutefois sensible à l'enherbement. Sans traitements herbicides, la perte s'élève de 300 à 500 kg par hectare de canne à sucre par jour. L'année de la plantation est, de plus, déterminante dans un cycle de culture qui dure de cinq à dix ans. La canne est enfin soumise à un risque, celui de l'introduction de nouvelles maladies que la sélection de la variété ne peut pas prévenir. Il entraîne la nécessité de protéger les frontières et de vérifier que les variétés importées soient saines, pour éviter les baisses de rendement.
Les organismes locaux se chargent le plus souvent de la sélection des variétés. À La Réunion, il existe un centre de création variétale qui sélectionne et envoie les variétés dans les différentes zones. Dans les DOM, les variétés sont sélectionnées en fonction des zones locales et sont introduites via le CIRAD. L'utilisation des variétés résistantes s'inscrit toutefois dans une approche plus globale des systèmes de production.
La culture de la canne à sucre n'utilise aucun pesticide pour traiter les bactéries ou les insectes. Les prédateurs, qu'ils soient présents ou introduits, régulent les ravageurs installés depuis longtemps. Le traitement pesticide déréglerait la prédation et favoriserait les ravageurs. Des digues biologiques existent toutefois, par exemple : le ver blanc à La Réunion ; l'introduction de certains parasites a également été efficacement développée dans les Antilles, comme le parasite larvaire du foreur de la canne à sucre.
Pour lutter contre les maladies, deux voies représentent une alternative à la résistance variétale, à savoir :
- l'assainissement des boutures à un moment donné de leur vie en thermothérapie pour créer des pépinières et planter des champs de cultures, essentiellement en Guadeloupe ;
- la protection des frontières par la sélection de matériel végétal sain au Visacane, la quarantaine canne à sucre du CIRAD à Montpellier.
La gestion de l'enherbement donne lieu à plusieurs pratiques alternatives qui sont proposées aux planteurs dans le Plan Ecophyto DOM, tels que le sarclage mécanique, le paillage qui favorise la conservation de l'eau dans les sols, ainsi que l'utilisation des plantes de service. Celle-ci peut intervenir avant la plantation ou en inter-rang, avec des plantes de couverture ou en jachère cultivée.
La sélection de variétés de canne à sucre résistantes ne représente pas un coût direct pour le planteur. Le coût de la lutte biologique est réduit à l'application de l'agent à la plantation la première année. Si le champ démarre bien la première année, le travail est bien moindre lors des dix années qui suivent. En outre, la directive régionale d'épidémio-surveillance Ecophyto a permis de mettre en place en Guadeloupe une surveillance du territoire pour contrôler l'entrée de maladies à risques en provenance d'Amérique centrale, par exemple la rouille orangée.
Le CIRAD cherche à réduire la quantité des herbicides, tout en améliorant le spectre d'efficacité des solutions proposées. Ces initiatives résultent d'un dispositif d'expérimentation géré à La Réunion par eRcane. Ses résultats sont diffusés lors de réunions d'information auprès des techniciens, des planteurs et des chambres d'agriculture. Un réseau de partage d'information et de mise en commun des expérimentations sur les herbicides est en place depuis 2002 entre La Réunion, la Martinique et la Guadeloupe. Pour faciliter l'obtention de certaines innovations, il y a des mesures agro-environnementales qui sont des mesures incitatives subventionnant les surcoûts des méthodes alternatives aux pesticides et herbicides.
Les essais sur la production de la canne à fibre qui ont eu lieu en Guadeloupe ont été transportés à La Réunion. Un projet est également développé en Guadeloupe pour produire de la canne à fibre directement pour l'énergie. Il est possible d'utiliser la fibre pour produire de l'énergie de stockage (gaz, méthanol) grâce à des techniques de digestibilité de la fibre ou bien en complément de l'énergie produite dans les usines qui sont adossées à des usines de sucre.