Maintenant que les PRS ont été adoptés, l'enjeu est de mettre en oeuvre les politiques et d'accompagner les acteurs. Tout en s'étant vu confier des missions transversales, les ARS ont été organisées en tuyaux d'orgues. Or, il faudrait au contraire qu'elles se structurent autour de la gestion de projet et de l'innovation, de façon à être en mesure de repérer les initiatives porteuses au niveau local, de les accompagner et de les évaluer. Les instances consultatives plus proches des territoires pourraient contribuer à ce travail.