Ce sont surtout des crédits d'intervention qui abondent le FIR, peu des crédits de fonctionnement. Cela pourrait être envisagé grâce à une réforme des mécanismes de fongibilité.
Il faut cependant souligner un paradoxe. Lorsqu'il vote l'Ondam chaque année, le Parlement se prononce sur sa répartition par sous-objectifs, c'est-à-dire par grandes politiques. Si le décloisonnement entre ces sous-objectifs était total, cela signifierait une perte de contrôle de la part du Parlement. Il faut donc trouver le bon équilibre entre la fixation d'objectifs nationaux et la capacité des ARS à adapter ces objectifs aux réalités des territoires.