Chaque mois, les directeurs généraux des ARS se réunissent avec les directeurs d'administration centrale pour présenter les difficultés qu'ils rencontrent et solliciter l'appui du ministère sur des points techniques. En conséquence, la DGOS et la DGS produisent régulièrement des guides méthodologiques qui offrent une réponse unique, pour toutes les ARS, à une question précise. Il y a donc un dialogue permanent entre le niveau national et les ARS, ainsi qu'entre les ARS, afin d'aller vers une homogénéisation des pratiques et des solutions à apporter aux problèmes rencontrés. A titre d'exemple, la DGS a réalisé récemment un guide sur la santé environnementale. Elles ont désormais un cadre commun pour mener cette politique. De même, pour les relations entre le préfet et les ARS, un guide définit, pour tout le pays, les grandes lignes des protocoles qui régissent leurs relations. Le travail en commun pour définir des procédures harmonisées est réel.
La déclinaison, au plus proche des populations, des plans nationaux de santé publique peut parfois poser des difficultés car ils sont souvent en tuyaux d'orgue. Le traitement de la maladie d'Alzheimer, au-delà du plan national, fait l'objet d'un décloisonnement avec la promotion des maisons pour l'autonomie et l'intégration des malades d'Alzheimer (Maia). Les ARS sont justement l'outil pour traduire cette nouvelle démarche qui vise à mettre en résonance, auprès de tous les acteurs locaux, des orientations nationales de santé publique. Les réalisations pratiques seront de plus en plus nombreuses. Ainsi, l'action des ARS devrait faire progresser les thématiques actuelles comme celle du parcours de santé, au-delà du parcours de soins. On constate ainsi de véritables progrès en ce qui concerne la moindre mise en avant de l'hôpital au profit de l'ambulatoire ou du médico-social. Il faut toutefois un peu de temps pour faire converger des cultures parfois très éloignées : les administrations peuvent paraître cloisonnées, mais les univers professionnels le sont aussi.