La coopération entre établissements prend la forme d'un groupement de coopération sanitaire (GCS) qui consiste le plus souvent à mutualiser des moyens, par exemple un bloc opératoire. Dans ce cas, la certification s'applique à chaque établissement, mais une seule évaluation est effectuée pour la partie gérée en commun. Dans le cas, très rare, où le GCS donne lieu à la création d'un nouvel établissement, la certification porte sur le nouvel ensemble.