Plusieurs hypothèses sont envisageables. Soit on limite la part de la T2A dans le financement des hôpitaux, soit on essaie de construire un système plus équitable en augmentant de façon considérable le nombre de GHS de façon à prendre en compte la situation particulière de chaque type d'établissement. Cette dernière option entraînerait des difficultés techniques non négligeables. La FHF est plutôt favorable à un financement complémentaire en dotation.
Le système dérogatoire de tarification du ticket modérateur s'arrêtera à la fin de l'année 2012. Avant la T2A, les patients payaient le ticket modérateur sur l'ensemble des charges de l'hôpital, y compris sur les missions d'intérêt général. Cela a posé problème au moment de la mise en place du nouveau système de tarification : soit le ticket modérateur était inclus dans les Migac, soit on maintenait un système de calcul spécifique. C'est cette deuxième option qui a été retenue à travers le TJP, ce qui conduit aujourd'hui à une situation injuste puisque des missions d'intérêt général telles que le SAMU/SMUR, qui bénéficient à l'ensemble de la population, sont en partie financées par les seuls patients hospitalisés. Cette situation est d'autant plus problématique que les hôpitaux compensent l'évolution insuffisante de l'Ondam par une augmentation plus soutenue des recettes de titre 2 (5,32 % en 2010) qui sont à la charge des mutuelles et des patients. Cela pose de grosses difficultés que l'aide médicale d'Etat (AME) préfigure à une échelle réduite : le fait de déplacer le coût de l'AME du TJP vers le GHS induit pour certaines structures des pertes financières importantes. Il y a là un véritable sujet qui résulte d'un manque de préparation de la réforme de la T2A en 2004 et du sous-financement de l'activité des hôpitaux.