Dans le cadre du mécanisme d'évaluation Schengen révisé, l'utilisation du SIS par le pays évalué est examinée. Trois des treize États membres évalués dans le nouveau régime se sont vu notifier des critères de non-conformité ; des recommandations ont été formulées et des plans d'action adoptés. La Commission européenne a jugé le sujet assez important pour faire l'objet d'une communication spécifique. Il est cependant évident qu'aucun État n'est en mesure d'utiliser le SIS à 100 %.
L'augmentation des consultations du SIS accroît également les risques de difficulté. La réforme conduite en 2013 a nécessité un temps d'adaptation, et compte tenu des enjeux, le dispositif est à nouveau l'objet de propositions pour renforcer son opérationnalité.