L'amendement COM-16 tend à marquer l'opposition à plusieurs dispositions, contraires aux principes de subsidiarité et de proportionnalité et susceptibles de remettre en cause la souveraineté des États membres. L'ouverture des mécanismes nationaux d'aide aux installations d'énergies renouvelables étrangères restreindrait, si elle était imposée, le droit des États membres à déterminer leur mix énergétique national : elle ne peut se faire que sur une base volontaire.
L'approbation par la Commission des plans énergie-climat nationaux et la possibilité de sanctions financières contreviendrait là aussi au principe de subsidiarité.
Quant à la création de centres opérationnels régionaux regroupant les gestionnaires de réseaux de transport (GRT), qui disposeraient de pouvoirs contraignants et ouvriraient la voie à une scission des missions de développement des infrastructures, relevant des GRT, et d'exploitation du réseau, qui reviendrait à un ou plusieurs opérateurs européens, elle pose à l'évidence des questions de souveraineté énergétique.