Dans les établissements hors contrat, le principe est celui de la liberté pédagogique, rappelé dans le code de l'éducation, mais les inspecteurs les invitent cependant à séparer les temps éducatifs et à ne pas mélanger les genres.
Quant aux établissements sous contrat, eu égard au contrat d'association qui les lie à l'éducation nationale, ils doivent séparer les cours de religion de l'enseignement strictement éducatif : pas d'enseignement.