Comme pour les établissements du secondaire, l'ouverture des établissements d'enseignement supérieur est libre, sous un régime de déclaration. En revanche, la situation n'est pas exactement comparable car le public cible est constitué de jeunes adultes, et la contractualisation se déroule de manière différente.
La formation des imams - mais plus largement celle des aumôniers de toute confession - relève de la direction des cultes du ministère de l'intérieur. Le ministère a souhaité la mise en place d'un diplôme de formation civique et civile, condition d'accès aux aumôneries pénitentiaires, des hôpitaux et des armées. Notre ministère a été consulté pour la rédaction du décret ; le cahier des charges sera publié sous forme d'arrêté, et un appel d'offres sera adressé aux établissements d'enseignement supérieur. Il existe déjà des diplômes universitaires (DU), souvent mis en place avec le soutien financier du ministère de l'Intérieur, délivrés dans les établissements suivants : l'université de Lorraine, Paris Sud, Paris I, Bordeaux, Toulouse Capitole, La Réunion, Strasbourg, Lyon 3, l'Institut catholique de Lyon, Lille 2, Nantes, Rennes 1, l'Institut catholique de Paris, l'université de Provence et Montpellier. Le territoire est donc bien maillé.
À ces formations délivrées sous la tutelle du bureau des cultes s'ajoutent des diplômes nationaux : un cursus complet de théologie catholique et protestante est proposé par l'université de Strasbourg, et un cursus d'islamologie y verra le jour en 2018.