La qualification des établissements privés du supérieur présente certaines spécificités. Il appartient au recteur d'académie, en tant que représentant de l'État au niveau régional, de déterminer le statut de l'établissement : supérieur technique ou supérieur libre. Si tout établissement du supérieur peut proposer des enseignements, en revanche il ne peut pas délivrer de diplômes nationaux - licence, master ou doctorat - à moins de passer une convention avec une université ; il existe une autre voie : les étudiants diplômés de ces établissements ont la possibilité de faire valider les enseignements suivis par un jury rectoral sous la présidence du recteur d'académie. Nous n'avons pas connaissance de tels accords passés par des établissements musulmans, mais il est vrai que le champ est limité.
La contractualisation prend dans l'enseignement supérieur une forme spécifique. Le dispositif existant dans les établissements publics a été étendu au privé par la loi de juillet 2013 créant le statut d'établissements d'enseignement supérieur privés d'intérêt général (EESPIG). Ces derniers répondent à plusieurs conditions : avoir le statut d'association ou d'établissement à but non lucratif, avoir un fonctionnement indépendant, et contribuer, à travers leur organisation pédagogique et la délivrance de diplômes reconnus par l'État, aux missions du service public de l'enseignement supérieur telles que la loi les définit.
Dans ce dispositif récemment mis en place, la contractualisation est réservée aux EESPIG. Avec les instituts catholiques, nous avons signé un contrat pluriannuel fixant des objectifs de développement partagé et prévoyant un apport de l'État aux crédits de fonctionnement.