Les préfectures peuvent aider les associations à bâtir leur régime juridique. Dans le cas des associations mixtes, on peut envisager une séparation des activités et la création de deux personnes morales.
La première serait exclusivement consacrée à l'exercice du culte. Pour le moment, la jurisprudence du Conseil d'État n'a identifié dans ce périmètre que la formation et la rémunération du ministre du culte, ainsi que la construction et l'entretien des édifices. La seconde serait chargée des activités culturelles, scientifiques, scolaires ou philanthropiques. C'est la solution très simple recommandée par la circulaire de 2010. Il appartient aux préfets d'aider les représentants du culte musulman à se structurer de la manière la plus efficiente possible.
Au-delà de l'interdiction des subventions aux cultes, l'impossibilité de tracer les financements une fois attribués pose une difficulté particulière.