Les mesures de réduction ont déjà été intégrées dans la conception du projet, puisque les maîtres d'ouvrage ont voulu éviter les atteintes à ces milieux. Par exemple, le rapport du CGEDD souligne que les surfaces impactées sont nettement moindres qu'envisagé initialement.
Globalement, pour ces prairies humides oligotrophes, un peu moins d'un hectare est impacté à la fois par la plate-forme aéroportuaire et par la desserte routière. Ces milieux sont très secs et n'ont connu aucun enrichissement par des produits azotés ou autres. Selon une évaluation du CGEDD, ils concerneraient un peu moins de 60 hectares pour l'ensemble du département de la Loire-Atlantique. Compte tenu de la spécificité du milieu, les maîtres d'ouvrages ont retenu une compensation surfacique, qui consiste à rechercher des terrains d'une superficie huit fois supérieure afin de recréer des milieux équivalents. Le coefficient tient compte des éventuels échecs liés à la particularité de ces milieux.