La rémunération des agriculteurs a été longuement négociée avec la profession. Le protocole signé avec la profession agricole en 2013 prévoit une indemnité pour perte de marges, pour compenser les pertes de production, et un supplément de rémunération lié à la plus-value environnementale induite par les contraintes qu'ils acceptent, sachant que ce mécanisme est défini sur la base du volontariat, par voie de convention. Un agronome, financé par les maîtres d'ouvrage, appréciera comment mettre en oeuvre les mesures compensatoires sur les parcelles concernées et aidera les exploitants à optimiser le fonctionnement du reste de leur exploitation.