Les mesures sont prévues pour une certaine durée au terme de laquelle il y aura forcément une évaluation pour voir si le contrat est reconduit ou si des ajustements doivent être prévus. Un suivi annuel est également prévu pour chaque exploitant. Il sera conduit par la chambre de l'agriculture et les associations environnementales.
Il faut aussi préciser qu'un agriculteur contrôlé sur son dossier relatif à la politique agricole commune (PAC) ou sur les MAE que peut accueillir une partie de son exploitation verra s'effectuer un fléchage de ce contrôle sur les mesures compensatoires dont il a la charge. Tout cela vient en plus du contrôle logique que l'opérateur effectuera sur les mesures qu'il finance.