La durée de réalisation des infrastructures entraîne des questionnements récurrents sur l'opportunité du projet, ce qui interroge notamment sur la responsabilité des autres parties prenantes que le maître d'ouvrage. C'est parfois la nature même du projet qui est remise en cause. Il faut tenir compte du mode d'élaboration des projets ferroviaires, dont la plupart sont cofinancés, avec des compétences partagées. Cela implique de débattre avec toutes les personnes concernées, au-delà du seul maître d'ouvrage.
Enfin, il est difficile d'articuler les différents types de procédure de concertation dont certaines se rattachent au code de l'environnement, d'autres aux codes de l'urbanisme, avec des seuils différents. Ainsi, sur une ligne ferroviaire nouvelle, les projets de gare peuvent faire l'objet d'une nouvelle concertation au titre du code de l'urbanisme.