L'OPECST a été saisi le 11 février 2015, par le président de la commission du développement durable de l'Assemblée nationale, d'une « demande portant sur les enjeux économiques et environnementaux des biotechnologies », « en raison de l'intérêt d'effectuer un point sur l'état des recherches en matière de biotechnologies et d'organismes génétiquement modifiés ». Par la suite, deux demandes complémentaires ont été formulées : sur les vignes résistantes, par le président de l'Assemblée nationale à la demande du président du groupe de la Gauche démocrate et républicaine (GDR), et sur les huîtres triploïdes, par le secrétaire d'État chargé de la mer et de la pêche.
Lors de sa réunion du 3 mars 2016 approuvant l'étude de faisabilité, l'OPECST a souhaité élargir la question posée aux « Enjeux économiques, environnementaux, sanitaires et éthiques des biotechnologies à la lumière des nouvelles pistes de recherche ».
Depuis le début des années 1990, l'OPECST s'est intéressé de près aux biotechnologies, avec la transposition de la première directive européenne sur les OGM : rapport de Daniel Chevalier de 1990, rapport de Jean-Yves Le Déaut en 1998 à l'issue de la première conférence de citoyens en France, trois rapports de Jean-Yves Le Déaut de 2005 préparatoires à la loi de 2008 sur les OGM, rapport de Geneviève Fioraso de 2012 sur la biologie de synthèse, pour ne parler que des plus importants.
Les biotechnologies ont fait récemment des progrès considérables, notamment avec les technologies de modification ciblée du génome (genome editing). Parmi elles, la découverte du système dénommé « CRISPR-Cas9 », par Emmanuelle Charpentier (Française, directrice de l'Institut Max Planck d'infectiologie à Berlin) et Jennifer Doubna (chercheur à l'université de Californie à Berkeley), qui a fait l'objet en 2012 d'une publication dans la revue scientifique américaine Science, constitue une véritable rupture car il est plus simple, plus rapide et moins coûteux et fonctionne sur tout organisme vivant.
Les applications possibles sont très prometteuses en médecine humaine (biotechnologies rouges). Ces techniques révolutionnent les méthodes de sélection des plantes (et des animaux) destinées à l'alimentation, dans une « ère post-OGM » (biotechnologies vertes), et rendent possibles des procédés industriels respectueux de l'environnement (biotechnologies blanches). Les craintes sont à la hauteur des potentialités : questions éthiques sur la modification de l'espèce humaine, évaluation environnementale et sanitaire des nouvelles techniques de sélection végétale, propriété intellectuelle, biosécurité... Ces nouvelles techniques questionnent l'adéquation des règles actuelles tant au niveau national, qu'européen et international.
Nous présentons notre rapport à l'issue de quinze mois d'étude, de deux auditions publiques contradictoires et ouvertes à la presse, de plusieurs missions en France (Génopole d'Évry, centre INRA de Gruissan dans l'Aude) et à l'étranger (Royaume-Uni, Allemagne, Suisse, États-Unis, Argentine, Brésil) et auprès d'organisations européennes et internationales (Commission européenne, Autorité européenne de sécurité des aliments - EFSA, Office européen des brevets - OEB, Organisation des Nations unies pour l'agriculture et l'alimentation - FAO, Organisation mondiale de la santé - OMS). Soit l'audition de plus de 220 personnes : scientifiques, médecins, universitaires, ministres, parlementaires, responsables administratifs, industriels, représentants de la société civile, comités d'éthiques, ONG de patients... Nous sommes le premier parlement au monde à nous prononcer sur ce sujet.
Le rapport a étudié : (I) la recherche en biotechnologies ; (II) les applications des nouvelles biotechnologies à la médecine humaine ; (III) les applications à l'environnement, (IV) ; les applications agricoles dénommées « nouvelles techniques de sélection » ; (V) les enjeux juridiques et sécuritaires ; et (VI) l'évaluation des risques et les conditions du débat public.