Le conseil des biotechnologies a notamment pour mission d'évaluer les risques en matière d'OGM et doit pouvoir fournir aux CLIS toute information ou expertise concernant la sécurité alimentaire, l'impact sur l'environnement, les conséquences économiques pour les filières sans OGM.
En d'autres termes, il doit avoir un rôle important en matière de surveillance et/ou d'analyse des conséquences sociales, économiques, sanitaires et environnementales de l'utilisation d'OGM.
La légitimité du conseil des biotechnologies dépendra de sa capacité à intervenir et à réagir sur l'ensemble des sujets liés aux biotechnologies. C'est pourquoi il doit évidemment être doté de moyens nécessaires pour remplir ses missions.