Le droit local des cultes facilite l'intégration des cultes dans la société, par le biais de la formation des ministres des cultes. Ces derniers sont formés dans le cadre de l'université publique, selon des modalités identiques à la formation proposée dans les autres facultés et départements de l'université. Ainsi, il n'y a pas de fossé entre l'enseignement théologique et les autres matières. De même, l'enseignement religieux dispensé dans les écoles publiques est articulé au programme des écoles, collèges et lycées.
Cette intégration existe également dans le cadre des relations institutionnelles entre les acteurs religieux et les pouvoirs publics. Les communes entretiennent les bâtiments cultuels, elles sont tenues de négocier avec le conseil de fabrique qui regroupe les responsables religieux. Ces liens existent également avec la haute administration du ministère de l'intérieur, lors de la nomination des membres du culte. Certains sont agréés, d'autres sont nommés par l'autorité politique. Ainsi, les évêques sont nommés par le Président de la République.
Ce droit local des cultes favorise le vivre ensemble par un traitement égalitaire des cultes, par l'entretien des bâtiments et la rémunération des ministres des cultes, dont bénéficient aussi les cultes non statutaires, c'est-à-dire non organisés par le cadre législatif de 1901 et 1905 ou non centralisés. Ils peuvent ainsi bénéficier de subventions des collectivités territoriales et s'organiser conformément au régime de droit local des associations. Enfin, ce régime permet de favoriser la construction d'édifices du culte et leur entretien. À titre d'exemple, la ville de Strasbourg consacre une ligne budgétaire répartie entre tous les cultes représentatifs du territoire de la ville et de la communauté urbaine : sont ainsi concernés les cultes protestant, catholique, juif, musulman, bouddhiste et hindouiste. Jusqu'à une période récente, le droit local permettait une bonne intégration des religions dans la société.
Les difficultés que nous connaissons aujourd'hui résultent de la modification du paysage religieux. S'agissant des cultes protestant et catholique, on constate une baisse des vocations. Le nombre de ministres du culte a diminué de près de deux tiers dans les deux diocèses au cours des quarante dernières années. Le nombre de pratiquants diminue également. Cela conduit à une nouvelle organisation : les ministres du culte doivent intervenir dans davantage de paroisses. En ce qui concerne le culte juif, certaines circonscriptions rabbiniques ne sont plus desservies, car les populations juives se concentrent désormais dans les grands centres urbains.
L'enseignement religieux témoigne également de l'évolution du régime des cultes. Ainsi, les responsables religieux organisent un enseignement religieux en collaboration avec le ministère de l'éducation nationale. Les chefs d'établissement ont l'obligation de créer cet enseignement, lorsqu'il y a une demande des parents, des tuteurs ou d'un élève majeur. Pendant longtemps, cet enseignement a privilégié la transmission de la foi, puis la connaissance des autres religions. Depuis quelques mois, les responsables religieux protestants, juifs et l'évêque de Strasbourg réfléchissent à un enseignement interreligieux présentant l'ensemble des religions. Or, ils ont beaucoup de difficultés à le mettre en oeuvre. La situation semble pourtant s'être apaisée. Mais certains ont considéré que le fait de faire appel dans une commission de réflexion à des responsables des cultes musulman et bouddhiste portait atteinte au droit local de l'enseignement religieux. Or, cette appréciation est infondée, dans la mesure où cet enseignement religieux resterait un enseignement de droit local, confessionnel, porté par les chefs religieux, et ne deviendrait pas un enseignement interreligieux délivré par les différentes autorités religieuses, y compris musulmanes. La mise en place d'un enseignement interreligieux est une demande très forte de la part des parents d'élèves et des chefs d'établissement. En effet, un concept similaire - l'Éveil cultuel et religieux mis en place dans plusieurs lycées d'Alsace - a permis, notamment dans certains lycées professionnels, d'apaiser les tensions entre religions.
La deuxième réflexion porte sur la création d'un enseignement de théologie musulmane au sein de l'université.
En outre, des postes de maîtres de conférence en islamologie ont été créés. Ce diplôme avait été abandonné après la décolonisation. Enfin, des réflexions sont en cours pour mettre en place des partenariats entre les établissements supérieurs privés de théologie musulmane en Alsace-Moselle - ils sont au nombre de trois - et les universités publiques. Il nous semble qu'il est urgent de créer une chaire de théologie musulmane, afin de fournir un contre-discours, face à un islam aujourd'hui dévoyé.
À cet égard, le ministère de l'intérieur a créé un diplôme de formation civique et civile obligatoire pour les aumôniers militaires, hospitaliers et pénitentiaires rémunérés.