Dans nos trois départements, un régime de séparation de l'Église et de l'État s'applique. Il n'y a pas d'Église d'État, les services publics sont neutres. On peut avoir une conception différente de la laïcité. D'ailleurs, le Conseil d'État et le Conseil constitutionnel considèrent que le droit local n'est pas contraire à la laïcité qui est un principe à valeur constitutionnelle. La faculté de théologie musulmane pourrait être créée via un mécanisme de reconnaissance d'une discipline théologique dans le cadre du conseil national des universités. La faculté de théologie catholique est confessionnelle : elle a été créée en 1902, grâce à une convention avec le Saint-Siège ; les évêques ont la possibilité de refuser une nomination. S'agissant de la faculté de théologie protestante, il n'y a plus de lien organique avec l'autorité religieuse. Il s'agit d'une faculté théologique non confessionnelle dans les faits depuis 1967 et de manière officielle depuis 2007. La mise en place d'une faculté de théologie musulmane non confessionnelle serait le meilleur choix ; dans le cas contraire, on se heurterait à l'éclatement des communautés musulmanes.