Sur l'aspect indemnitaire, une autonomie a été laissée aux ministères pour reconnaître des sujétions ou offrir des compléments car la partie indiciaire est beaucoup plus rigide. Ces primes sont liées à de multiples facteurs qui offrent de la reconnaissance aux agents. L'inconvénient réside cependant dans la complexité ajoutée par ces primes.
Il faut donc maintenir l'équilibre entre la distribution de primes qui récompensent l'engagement et la compétence et le système global qui doit rester cohérent. Dans cette logique, l'ensemble de l'encadrement supérieur, à l'exception des directeurs d'administration centrale, a été intégré au RIFSEEP. Néanmoins, il convient de préciser que cette instauration d'un barème commun ne doit pas être confondue avec des salaires identiques. La recherche d'équilibre est donc permanente entre ces deux objectifs.