À la place d'une gouvernance associant d'une part, un directeur général et, d'autre part, un conseil d'administration réglant par ses délibérations l'ensemble des affaires de l'établissement, il est proposé d'instaurer un mode de gouvernance plus souple, s'organisant autour d'un directoire, composé de deux membres, et d'un conseil de surveillance associant, avec voix délibérative, des représentants de l'État disposant de la moitié des voix, deux députés et deux sénateurs, des représentants des collectivités territoriales et des salariés et agents publics de l'agence. La disposition relative aux représentants d'établissements publics siégeant avec voix consultative, d'ordre réglementaire, serait supprimée et le président du conseil de surveillance serait choisi parmi les représentants des collectivités territoriales.