Les IHU ont été créés dans le cadre du programme des investissements d'avenir. On en compte six en France. Il s'agit de structures de recherche de niveau international très thématisées. Ces centres de recherche sont aussi des centres d'enseignement et de soins : seul l'IHU de Bordeaux n'a pas de mission de soins. Or, il ressort des évaluations, de la Cour des comptes notamment, qu'il s'agit, de ce fait, d'un des IHU les plus performants. Un IHU a vocation à rassembler des scientifiques du monde entier autour de chercheurs hospitalo-universitaires. Certains les assimilent à des CHU ultra-thématisés et de petite taille, avec au maximum une cinquantaine de lits pour les soins. L'IHU de Bordeaux se concentre sur la perturbation du fonctionnement électrique du coeur qui est à l'origine de 350 000 morts subites chaque année en Europe.
Quel bilan en tirer ? Sur le plan de l'organisation, confier les soins, pour lesquels il faut des infirmières et des soignants, à des instituts de recherche scientifique n'a pas fait la preuve de son efficacité. En outre, sur le plan financier, les IHU ne parviendront pas à l'autonomie financière en 2019, en dépit des objectifs avancés. Ils n'ont réussi que partiellement à dégager des moyens par le biais des contrats avec des industriels. Leur finalité était pourtant de créer de la valeur pour diffuser le progrès médical. Enfin, leur conseil d'administration réunit le CHU, l'université, le CNRS, l'Inria, des industriels, et la région qui a participé au financement initial, et qui est la seule collectivité territoriale représentée.