Aux deux directions des ministères dont le Cenalt dépend : la direction générale de la sécurité civile et de la gestion des crises (DGSCGC) du ministère de l'intérieur et la direction générale de la prévention des risques (DGPR) du ministère de la transition écologique et solidaire. Mais le problème ne se pose pas de la même manière à la Réunion et aux Antilles.