Le Cenalt reçoit une subvention d'un million d'euros par an pour son exploitation et son maintien en condition opérationnelle. Cette subvention est versée au titre de son service au public et provient de la direction générale de la sécurité civile et de la gestion des crises (DGSCGC) du ministère de l'intérieur et de la direction générale de la prévention des risques (DGPR) du ministère de la transition écologique et solidaire.