Les mêmes espèces de Borrelia se retrouvent sur l'ensemble du territoire français, mais l'importance de chacune varie selon les régions. Trois espèces - les Borrelia afzelii, garinii et burgdorferi stricto sensu - ont été identifiées dans la quasi-totalité des 221 prélèvements humains réalisés ces dix dernières années. La moins fréquemment observée, la Borrelia burgdorferi stricto sensu, est davantage impliquée dans la survenue d'arthrite. Les bactéries semblent donc posséder un tropisme pour certaines pathologies. Aux États-Unis, la principale espèce est la Borrelia burgdorferi stricto sensu. Dans une unique région du territoire américain, la Borrelia mayonii a été détectée. Les CNR européens n'en ont, à ce jour, trouvé aucune trace.