Les outils de la surveillance sont nombreux, parmi lesquels des registres de suivi de la borréliose et des cartes d'incidence de la maladie de Lyme. Ces dernières sont élaborées par territoire ; le réseau Sentinelle publie des données régionales : elles sont à prendre avec précaution car elles manquent de précision, néanmoins elles fournissent une bonne indication sur les tendances dans le temps, qui sont stables. Les études de surveillance menées en Alsace ou en Bourgogne-Franche-Comté confirment les ordres de grandeur. Elles sont consultables sur le site de Santé publique France.