Le FIPHFP subit actuellement un effet de ciseaux, inhérent à son modèle économique. En effet, la contribution des employeurs baisse du fait de l'augmentation du taux d'emploi des personnes handicapées dans la fonction publique. Parallèlement, les demandes d'aménagement de poste augmentent et, avec elles, les dépenses d'intervention du FIPHFP.
Entre 2015 et 2018, le FIPHFP a accumulé 230 millions d'euros de déficit, ce qui remet en cause sa pérennité financière. Ses réserves sont passées de 400 millions d'euros au début des années 2010 à 70 millions d'euros aujourd'hui ; elles devraient encore se réduire à 40 millions d'euros dans les deux prochaines années. En outre, le mandat de gestion de la Caisse des dépôts et consignations, qui représente 14,8 millions d'euros en 2018, soit 9,89 % du budget du FIPHFP, s'avère relativement lourd.