L'agence est issue de la fusion du CGET (Commissariat général à l'égalité des territoires), de l'Agence du numérique et de l'Épareca (Établissement public national pour l'aménagement et la restructuration des espaces commerciaux et artisanaux). Ses moyens de fonctionnement correspondront à l'addition des moyens de fonctionnement actuels de ces trois agences.